The Phage Hunting Project
The phage hunting project
The phage hunting project is part of the VIR515 undergraduate course and is based on the SEA-PHAGES program developed in the USA. The main idea of our program is to introduce undergraduate students to applied phage research. In essence, the students have to get out there in the field, collect various samples (water, soil, fecal matters, etc.), and try to isolate new phages against selected bacterial species.
The students are responsible for reading the relevant literature, applying different protocols, sampling the environment, performing the experiments on their own (they have access to a fully equipped lab 24/7), and to interpret the results.
On our first year in 2021 (without COVID-19 interference), 6 teams of 3 students succeeded in isolating at least one phage active on either pathogenic Escherichia coli, or Salmonella enterica strains. Due to time constraints, only a few teams were able to reach the DNA extraction step and restriction profiling of the isolated phage. But all teams were able to isolate at least one phage, to plaque-purify them, and amplify them to higher titers. These phages will be further characterized in the Fortier Lab.
On the 2022 edition, 4 teams of students succeeded in isolating one or more phages infecting E. coli and Salmonella enterica. Most teams were able to get restriction profiles of their phages and electron microscopy pictures were obtained for 3 phages.
Overall, the experience and discussions so far have been very stimulating for these young students – and for the teachers too!! We can’t wait to do it again next year!
La chasse aux phages
Le projet de chasse aux phages fait partie du cours VIR515 et est basé sur le programme SEA-PHAGES développé aux É-U. L’objectif de ce projet est d’initier les étudiants du baccalauréat à la rechercher appliquée sur les phages. En gros, les étudiants vont échantillonner différents environnements (eau, sols, fèces animales, etc.) et ils tentent d’isoler des bactériophages capable d’infecter des espèces bactériennes sélectionnées.
Les étudiants sont responsables de lire la littérature pertinente sur le sujet, de proposer des protocoles, d’effectuer toutes les expériences de façon autonome (ils ont accès à un laboratoire de microbiologie entièrement équipé 24/7), et d’interpréter leurs résultats.
À notre première année complète (2021) sans interruption due à la COVID-19, 6 équipes de 3 étudiants on réussi à isoler au moins un phage capable d’infecter soit Escherichia coli ou Salmonella enterica. Dû à des contraintes de temps, seulement quelques équipes ont réussi à se rendre jusqu’à l’étape d’extraction d’ADN et de profil de restriction, mais toutes les équipes ont réussi à isoler au moins un phage, à le purifier, et à l’amplifier à un titre plus élevé. Ces phages seront caractérisés plus en profondeur par le Labo Fortier.
L’édition 2022 était composée de 4 équipes et toutes ont réussi à isoler au moins un phage capable d’infecter E. coli ou Salmonella enterica. La plupart des équipes ont réussi à extraire le matériel génétique et obtenir un profil de restriction de leurs phages et des photos en microscopie électronique ont même pu être obtenues pour 3 phages.
En résumé, l’expérience et les discussions jusqu’à présent ont été très stimulantes pour ces jeunes étudiants, et pour les professeurs aussi! Nous avons très hâte de recommencer l’an prochain!